Paralelný prístup v molekulárnej diagnostike pletencových muskulárnych dystrofií

Autoři:

Zoja Vlčková (1), Peter Iglauer (3), Arpád Nagy (4), Juraj Mešťánek (4), Martina Hikkelová (2), Andrej Genčík (2), Martin Genčík (1)

Pracoviště:

  1. Praxis für Humangenetik Wien, Brünnlbadgasse 15/6, 1090 Wien
  2. Medgene, Ondrejovova 30, 82103 Bratislava
  3. Diagenos, Caprivirstrasse 30, 49076 Osnabrück
  4. ADINIS, Jánošíkova 21, 91701 Trnava

Progresívne muskulárne dystrofie zahŕňajú X-viazané dystrofínopatie, autozomálne recesívne a menej časté autozomálne dominantné pletencové muskulárne dystrofie, tzv. LGMD. Oboje sa u postihnutých jedincov prejavujú úbytkom svalovej hmoty v oblasti ramenného a panvového pletenca a postupným šírením svalovej slabosti aj na distálne svaly. V počiatočnom štádiu ich prakticky nie je možné od seba klinicky odlíšiť. Hlavnými diagnostickými nástrojmi sú ďalej analýza rodokmeňa, biopsia svalu a molekulárno-genetická analýza dystrofínového génu a skupiny génov zodpovedných za rôzne formy LGMD.

Tento príspevok stručne referuje o stave molekulárnej diagnostiky pletencových muskulárnych dystrofií na našom pracovisku. Doterajší prístup štandardne pozostával z priameho sekvenovania kódujúcich a splice-relevantných oblastí príslušného génu Sangerovou metódou v kombinácii s MLPA vyšetrením dotyčných oblastí na prípadné veľké delécie/duplikácie. Týmto spôsobom bolo vyšetrených 33 vzoriek pacientov s podozrením na LGMD, ktoré k nám boli v uplynulom období zaslané, a u ktorých boli vylúčené dystrofínopatie, s nasledujúcimi výsledkami: 21 negatívnych nálezov, 12 pozitívnych nálezov; z toho u 7 pacientov (rodinných príslušníkov) bolo potvrdené prenášačstvo jednej z recesívnych foriem LGMD, u 5 pacientov bola diagnóza AR LGMD potvrdená nálezom 2 kauzálnych mutácií. Nájdené boli 3 v literatúre popísané mutácie v géne CAPN3: p.Thr184ArgfsX36, p.Phe200_Leu204del, p.Thr417Met; 1 v literatúre popísaná mutácia v géne SGCG: p.Phe175LeufsX20; 1 dosiaľ nepopísaná mutácia v géne SGCG: p.Thr251AspfsX68.

Súčasťou doterajšej diagnostickej stratégie v prípade negatívneho nálezu a pretrvávajúceho podozrenia na niektorú z foriem LGMD bolo sukcesívne vyšetrovanie ďalších zodpovedných génov. Vďaka zavedeniu metód sekvenovania druhej generácie pomocou prístroja Roche GS Junior v našom laboratóriu a ich úspešnej aplikácii v molekulárnej diagnostike napr. neurokutánnych ochorení (NF, TSC), generalizovanej epilepsie (GEFS+) a i., aj v prípade LGMD nahrádzame tento sukcesívny prístup paralelným vyšetrením vo forme génového panelu LGMD (Tab). V prípade pacienta, ktorý nemá vylúčenú dystrofínopatiu, je možné do panelu zahrnúť aj DMD. Z praktického hľadiska očakávame celkové zefektívnenie diagnostiky LGMD, a to predovšetkým zvýšenie záchytnosti. Pomerne nízke počet potvrdených pozitívnych pacientov (štatistiku skresľujú vyšetrovaní rodinní príslušníci) môže byť spôsobený nedovyšetrením ďalších génov z kategórie LGMD, a teda predčasným ukončením ďalšej finančne a časovo náročnej diagnostiky. Tento problém je možné eliminovať systematickým využívaním masívne paralelných metód sekvenovania druhej generácie, ktoré umožňujú výrazné zníženie celkových nákladov, ako aj dĺžky trvania vyšetrenia.

Typ LGMD génový produkt skratka génu lokalizácia génu
LGMD1A myotilin MYOT 5q31
LGMD1B lamin A/C LMNA 1q22
LGMD1C caveolin 3 CAV3 3p25
LGMD2A calpain 3 CAPN3 15q15.1
LGMD2B dysferlin DYSF 2p13.3
LGMD2C sarcoglycan, gamma SGCG 13q12
LGMD2D sarcoglycan, alpha SGCA 17q21
LGMD2E sarcoglycan, beta SGCB 4q12
LGMD2F sarcoglycan, delta SGCD 5q33-q34
LGMD2I fukutin-related protein FKRP 19q13.32
LGMD2K protein-o.mannosyl-transferase 1 POMT1 9q34.1

 

Forma prezentace:

Přednáška